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python - 使用SimpleITK保存DICOM文件时如何保留UID?

发布于 2020-03-31 23:18:36

我正在尝试使用SimpleITK读取一个DICOM文件并将其保存在其他位置。我注意到Series Instance UID无论我是否明确设置它都会发生变化。

如何保留原始UID?

from pathlib import Path
import SimpleITK as sitk

dicom_path = '......'
p = Path(dicom_path)

reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetFileName(str(p))
reader.LoadPrivateTagsOn()

image = reader.Execute()
print('Series Instance UID', image.GetMetaData('0020|000e'))
print('SOP Instance UID', image.GetMetaData('0008|0018'))
image.SetMetaData('0020|000e', image.GetMetaData('0020|000e'))

writer = sitk.ImageFileWriter()
writer.SetFileName(out_folder+case+p.name)
writer.SetUseCompression(False)
writer.Execute(image)

reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetFileName(out_folder+case+p.name)
reader.LoadPrivateTagsOn()

image = reader.Execute()
print('Series Instance UID', image.GetMetaData('0020|000e'))
print('SOP Instance UID', image.GetMetaData('0008|0018'))

为系列UID提供两个不同的字符串。SOP UID保持不变:

Series Instance UID 1.3.12.2.1107.5.1.4.74141.30000017013107011409700014483
SOP Instance UID 1.3.12.2.1107.5.1.4.74141.30000017013107011409700014570

Series Instance UID 1.2.826.0.1.3680043.2.1125.1.65790274925978549485969544082687134
SOP Instance UID 1.3.12.2.1107.5.1.4.74141.30000017013107011409700014570

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提问者
alex
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Amit Joshi 2020-01-31 20:12

尽管我从未使用过该工具箱,但该工具箱的行为却很奇怪。如果修改像素数据,则应更改某些属性;在这种情况下,SOP实例UID最重要。

但是,在您的情况下,像素数据不会被修改。同样,仅修改系列实例UID;SOP实例UID不变。

无论如何,工具包提供了一种在编写DICOM数据集时保留UID的方法。请向KeepOriginalImageUIDOn会员查询更多详情。

Self&itk :: simple :: ImageFileWriter :: KeepOriginalImageUIDOn(无效)
使用原始参考书目/系列/框架。

这些方法设置/获取/切换KeepOriginalImageUID标志,该标志被传递到图像文件的itk :: ImageIO对象。这仅与DICOM文件格式相关,将编写器配置为使用图像的元数据字典中的信息或创建新的参考值研究/系列/框架。

在文件sitkImageFileWriter.h的第134行定义。

这将指示工具箱在写入数据集时保留原始UID。